Serveur ShinyR avec applications personnalisées

Préparation du dépôt personnalisé

  • Copiez ce dépôt :
    • git clone https://plmlab.math.cnrs.fr/plmshift/shiny-custom.git et poussez-le sur un serveur GIT de votre choix (PLMlab par exemple)
    • ou bien en cliquant Fork sur la page d'accueil de ce dépôt
  • Dans le dossier ShinyApps, éditez les fichiers ui.R et server.R

Déploiement de votre instance ShinyR

  • Créez un projet
  • Instanciez une application Shiny R depuis le catalogue en choisissant Shiny R Application Server
  • Renseignez l'URL de votre dépôt shiny-custom
    • si votre dépôt est public, l'URL sera de la forme : https://plmlab.math.cnrs.fr/votre_groupe/shiny-custom.git
    • si vous souhaitez un dépôt privé, l'URL sera de la forme : git@plmlab.math.cnrs.fr:votre_groupe/shiny-custom.git1
  • Patientez et ensuite connectez-vous sur l'URL de votre déploiement
  • Le dossier /opt/app-root/src est le point de montage d'un volume persistant contenant :
  • le dossier ShinyApps : votre application
  • le dossier R vos packages supplémentaires (voir ci-dessous)

Cycle de vie de votre application

Installation de packages R supplémentaires

L'installation de packages se fera dans le dossier /opt/app-root/src/R. Pour cela deux méthodes :

en ligne de commande

oc get pods
oc rsh shiny-2-asce44 (selon ce que donne oc get pods)

au prompt du Shell :

sh-4.2$ R
> install.packages('mon_package')
> Ctrl D

via l'application

Au début du fichier server.R ajoutez les lignes suivantes :

list.of.packages <- c("package1","package2")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

  1. dans le cas d'un dépôt privé, vous devez suivre les indications suivantes pour utiliser une clé SSH de déploiement ↩